Participarão da competição as associações NOVA IGUAÇU, GUANABARA, ESTÁCIO DE SÁ, CFZ DO RIO, MIGUEL COUTO, CÉRES, ITAPERUNA, AA PORTUGUESA, SÃO CRISTÓVÃO, TIGRES DO BRASIL, GOYTACAZ, ANGRA DOS REIS, BANGU, PROFUTE, RIO BRANCO, OLARIA, VILLA RIO, BONSUCESSO, SERRANO, SILVA JARDIM, BRÉSCIA, FLORESTA, INDEPENDENTE, TERESÓPOLIS, SENDAS e APERIBEENSE.

O Campeonato será disputado em cinco fases, no período de 26 de julho a 14 de dezembro.
     . A associação campeã e a associação vice-campeã terão acesso à Primeira Divisão de Profissionais em 2009.
     . Serão rebaixadas para Terceira Divisão de Profissionais 02 (duas) associações, respectivamente a última e a penúltima classificada do grupo X.
     . As associações classificadas do 1º ao 8º lugar estarão habilitadas a participar da Copa Rio de 2009.

Na primeira fase as associações serão distribuídas em quatro grupos (A, B, C, D) de até 08 associações em cada grupo, formados mediante sorteio, com as equipes jogando entre si, dentro do grupo, em turno e returno, classificando-se para a segunda fase as quatro primeiras colocadas de cada grupo, perfazendo o total de 16 equipes.
As associações classificadas em último lugar de cada grupo, comporão o grupo X e jogarão entre si, em turno e returno.